Theo Quyết định, Ban Chỉ đạo là tổ chức phối hợp liên ngành, có chức năng giúp Thủ tướng Chính phủ nghiên cứu, chỉ đạo và xử lý các vấn đề quan trọng, mang tính liên ngành trong triển khai Đề án. Ban Chỉ đạo do Đại tướng Lương Tam Quang, Bộ trưởng Bộ Công an làm Trưởng ban; Thượng tướng Nguyễn Văn Long, Thứ trưởng Bộ Công an làm Phó Trưởng ban.
Ban Chỉ đạo có nhiệm vụ tham mưu, giúp Thủ tướng Chính phủ chỉ đạo, đôn đốc và điều phối việc triển khai các mục tiêu, nhiệm vụ và giải pháp của Đề án; đồng thời hướng dẫn, điều phối hoạt động phối hợp giữa các bộ, ngành và cơ quan liên quan.
Một trong những nhiệm vụ trọng tâm là rà soát, đề xuất hoàn thiện cơ chế, chính sách, tiêu chuẩn, quy chuẩn kỹ thuật và quy trình nghiệp vụ phục vụ số hóa hồ sơ, ký số, trao đổi và chia sẻ dữ liệu trong hoạt động tố tụng hình sự và thi hành án hình sự.
Bên cạnh đó, Ban Chỉ đạo có trách nhiệm chỉ đạo xây dựng và triển khai các kế hoạch, dự án, nhiệm vụ chuyển đổi số, bảo đảm tính kết nối, liên thông, tránh trùng lặp và lãng phí; theo dõi, đánh giá kết quả thực hiện Đề án; kịp thời tháo gỡ khó khăn, vướng mắc; điều phối nguồn lực và bảo đảm sự phối hợp liên ngành. Công tác bảo đảm an toàn, an ninh thông tin, bảo vệ bí mật nhà nước, quản lý và khai thác dữ liệu đúng quy định cũng được xác định là nhiệm vụ xuyên suốt.
Ban Chỉ đạo làm việc theo chế độ kiêm nhiệm, sử dụng bộ máy hiện có, không làm tăng biên chế và tự giải thể sau khi hoàn thành nhiệm vụ. Trưởng Ban Chỉ đạo ban hành Quy chế tổ chức và hoạt động, phân công nhiệm vụ các thành viên, quyết định thành lập Tổ giúp việc và điều hành hoạt động của Ban theo thẩm quyền. Các cuộc họp được tổ chức định kỳ hoặc đột xuất, có thể thực hiện trực tiếp, trực tuyến hoặc kết hợp, bảo đảm hiệu quả và kịp thời.
Bộ Công an sử dụng bộ máy hiện có để thực hiện nhiệm vụ của cơ quan thường trực, có trách nhiệm bảo đảm các điều kiện hoạt động, chuẩn bị nội dung, chương trình, tài liệu phục vụ các phiên họp; đồng thời đôn đốc, tổng hợp, báo cáo tình hình triển khai. Các bộ, ngành, cơ quan liên quan có trách nhiệm phối hợp, cung cấp thông tin, thực hiện chế độ báo cáo theo yêu cầu.
Kinh phí hoạt động của Ban Chỉ đạo được bảo đảm từ ngân sách nhà nước và bố trí trong kinh phí thường xuyên của Bộ Công an.